Luego de varias semanas de investigación fue posible encontrar el problema que causaba errores en la codificación de los mensajes de correo electrónico.
El bug causante del problema se encontraba en un módulo de libnet, librería Perl utilizada por Amavis y SpamAssassin (antivirus y antispam respectivamente). libnet es un colección de módulos de Perl que aportan una interfaz (API) de cliente para varios protocolos usados en la comunidad de internet, entre ellos SMTP y POP3.
Esta librería se ocupa, entre otras cosas, de convertir la codificación de los mensajes entrantes y salientes. El bug fue emparchado en la versión de libnet 1.22, que ha sido instalada con éxito en el servidor de correo. Este bug de libnet también afectaba al sistema Webmail.
A partir de ahora, los nuevos mensajes recibidos deberían mostrar correctamente la codificación.